شملت الأضرار تسربات كيميائية من منشآت خطرة، تلوث مياه الشرب، تدمير محطات معالجة المياه، إزالة واسعة للغابات، وتزايد التلوث الناتج عن تعدين الذهب واستخدام الأسلحة في المناطق السكنية. كما رُصدت كميات ضخمة من الحطام المختلط بمواد سامة، مما يُهدد صحة السكان العائدين.
وبحسب التقرير، فقد أدى تدمير مصفاة الجيلي ومرافق تخزين النفط إلى تلوث واسع وجودة هواء متدهورة، بينما تُظهر بيانات بيئية أن الخرطوم وحدها قد تحتوي على أكثر من 38 مليون طن من الحطام الملوث. كما فاقمت الحرب أزمة التصحر والانبعاثات الكربونية بسبب القطع الجائر للأشجار وتراجع مساحة الغابات إلى الثلث.
يرى خبراء أن السودان بات يواجه أزمة بيئية مركبة من تداعيات الحرب وتغيّر المناخ، مع غياب القدرة المؤسسية على الاستجابة، ما ينذر بكارثة بيئية طويلة الأمد تهدد الأمن الإنساني والاقتصادي.